Malia heeft een warm mediterraan klimaat. Het kent warme en droge zomers. In de winter kan het er bijzonder nat zijn. Als winterzon bestemming is het weer in Malia met een gemiddelde temperatuur van 13 graden niet erg geschikt. De gemiddelde temperatuur in de zomer ligt tussen de 28 en 32 graden. De zeewind van de Middellandse zee zorgt echter voor de nodige verkoeling tegen de warme temperaturen. De gemiddelde zeetemperatuur ligt tussen de 22 en 25 graden.
